تفتیشی ٹیم کے سربراہ انسپکٹر جنرل کے کے مشرا  نے اعلی حکام کو بھیجی جانے والی رپورٹ میں لکھا ہے کہ کیس کی تحقیقات مالیگاؤں اوردیگر بم دھماکوں کی تحقیقات کرنیوالی نیشنل انویسٹی گیشن ایجنسی کو منتقل کردی جائے ۔ رپورٹ کے مطابق سمجھوتہ ایکسپریس سانحے میں ہندو انتہاپسند تنظیموں کے ملوث ہونے کے ثبوت ملے ہیں ۔ اس سانحے میں استعمال ہونیوالا بارود مدھیا پردیش کے شہر انڈور سے خریدا گیا تھا جو کہ ہندو انتہا پسند تنظیموں کا گڑھ ہے ۔ انہوں نے اعلی حکام سے درخواست کی ہے کہ ہندو انتہا پسند تنظیموں کے ملوث ہونے کے انکشاف کے بعد اس واقعے کی تحقیقات بھی مالیگاؤں ، اجمیرشریف اور دیگرعلاقوں میں ہونے والے واقعات کے ساتھ منسلک کی جائے ۔  واضح رہے کہ ان واقعات میں ہندو انتہاپسند تنظیموں کا کردار پہلے ہی ثابت ہو چکا ہے ۔  فروری دو ہزار سات میں پیش آنیوالے سمجھوتہ ایکسپرس سانحے میں اڑسٹھ افراد ہلاک ہو گئے تھے جن میں سے زیادہ تعداد پاکستانیوں کی تھی ۔ بھارت کی جانب سے اس واقعے میں لشکر طیبہ کے ملوث ہونے کا الزام لگایا گیا تھا ۔