دفترخارجہ کے مطابق افغان ناظم الامور سید عبدالناصر کو طلب کرکے باچا خان یونیورسٹی حملے میں افغان سرزمین استعمال ہونے پر شدید احتجاج کیا گیا۔ دفتر خارجہ نے مطالبہ کیا کہ افغان حکومت حملے میں ملوث عناصر کے خلاف کارروائی کرے جبکہ دہشتگردوں کو انصاف کے کٹہرے میں لانے کے لئے پاکستان سے تعاون کیا جائے۔ دفترخارجہ کے مطابق باچا خان یونیورسٹی پر حملے کے منصوبہ سازوں نے افغان سرزمین اور ٹیلی کمیونیکیشن نظام استعمال کیا اور اس حوالے سے معلومات پہلے ہی افغان حکام کو فراہم کی جاچکی ہیں۔ بیس جنوری کو چارسدہ کی باچا خان یونیورسٹی پر چاردہشتگردوں نے حملہ کرکے طالب علموں سمیت بیس افراد کو شہید کردیا تھا۔